HumaniTerra International a pour vocation de former les équipes locales dans leurs conditions de travail habituelles afin de les rendre autonomes. Les équipes chirurgicales qui partent en mission s’engagent à former les personnels locaux (chirurgiens, anesthésistes, infirmières, sages-femmes) sous la forme de compagnonnage.

L’ONG s’emploie également à former les jeunes chirurgiens et médecins anesthésistes français à intervenir dans des conditions précaires pour assurer la pérennité de son engagement humanitaire.